●海洋コース
長期航海実習を通して「航海士」として必要な学びを深めるほか、かつおの一本釣りなど漁業技術を中心に習得します。また、操船、海洋気象、漁業、水産生物など海に関する幅広い知識を学ぶとともに、ダイビングやサーフィンなどの技術も習得し、「海のプロフェッショナル」としての成長をめざします。

●機関コース
長期航海実習を通して、船舶機関士として必要な知識と技術を身につけます。ディーゼルエンジン、ボイラー、冷凍機、ポンプなどの学習と実習を行い、船舶、工業、港湾関連分野で活躍する「トップエンジニア」をめざします。

●水産工学コース
長期航海実習には参加せず、「海洋コース」のダイビング実習や「機関コース」の電気工作・溶接等の実習を通して、高度な知識や技術を習得し、多くの資格取得に挑戦します。また、水産業、海洋、商業などの分野を幅広く学び、「多彩な分野で活躍できるエンジニア」としてのスキルアップをめざします。

●アクアフードコース
水産物の製造や加工実習を通じて、乾製品、ねり製品、佃煮、缶・瓶詰、燻製品など幅広い「食」に関する技術を習得します。また、品質管理や安全管理、流通、商品開発について学び、海の恵みを伝える「食のリーダー」をめざします。

●アクアデザインコース
海洋生物の種苗生産や飼育管理の知識、アクアリウム（水槽の飼育・展示）設計技術を学びます。さらに、地域産業である真珠養殖を含む水産生物の養殖技術や水揚げ加工の方法を習得。海洋環境保護や海洋生物の理解を深め、「豊かな海を守るプロフェッショナル」としての成長をめざします。